O CLUNL desenvolve projetos de investigação a nível nacional, com financiamento do Programa de Financiamento Plurianual da FCT-MCTES ou com financiamento específico, e colabora em projetos nacionais e internacionais.
O CLUNL está estruturado em grupos de investigação vocacionados para diferentes áreas, que integram membros com objetivos comuns. Cada grupo de investigação pode desenvolver um ou mais projetos. Pode haver projetos transversais incluindo investigadores pertencentes a diferentes grupos.